大棚蔬菜生產中，施用有機肥應注意以下幾個問題：
一是要控制有機肥用量，并配合適量的速效性化肥。一般以每年每畝的大棚施用腐熟的雞糞5－7噸或豬、牛等廄肥6－8噸為宜，新建大棚適當多些，種植五年以上的大棚應適當減少用量。對于有機質含量較低的風砂土、鹽堿土、白漿土、黑鈣土等適當多些，而有機質含量較高的黑土、草甸土適量少些。
二是有機肥必須充分腐熟，嚴禁施用未充分腐熟的有機肥。新鮮的畜糞便含有病菌及寄生蟲，不宜直接使用，一般應經堆制，在發酵、腐熟過程中殺死各種病菌、蟲卵及其它雜種種子，還可將肥料中的有機物質逐步分解為植物可以吸收的各種營養成分。
三是有機肥施用盡量多樣化，避免多年單一施用一種有機肥料，并配合施用一些生物肥料。
四是使用腐熟的沼氣發酵肥 。沼氣發酵是利用人畜糞尿、作物秸稈、青草、農業廢氣物、生活污水等各種有機物，在隔絕空氣和一定溫度、水分、酸堿度等條件下，經過多種微生物共同嫌氣分解的結果。無公害蔬菜田使用沼氣發酵肥要求密封儲存期30d以上，高溫沼氣發酵溫度53 ℃左右持續2d，在使用糞液中無孑孓，池的周圍無活的蛆、蛹或新羽化的成蛹。沼氣池殘渣經無害化處理后方可使用。
五是化肥和農家肥混用好處多。 化肥的特點是養分含量高、肥效快而持續時間短。養分單一，農家肥是完全肥料，養分含量低肥效慢而持續時間長。故二者可取長補短。
生產無公害蔬菜已成為農業生產的當務之急，除了在施肥上應注意之外，在病蟲害上也應采取措施綜合防治，以生物農藥為主，配合低毒、低殘留的化學農藥。讓人們真正吃上放心的無公害蔬菜。
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